医学创新的经济效益是指创新活动中科研劳动的占用量、消耗量同科研成果的比较，可以用货币计量单位表示的经济指标加以表述。医学创新的社会效益则一般难以用具体的经济指标来表述，但它客观存在。从根本上说两者是辩证统一的。医学知识创新是社会公益事业。公益，顾名思义其效益是对全社会以至于全人类而言的，是指医学知识的创新能够满足保护和增进人的身心健康的社会需要，其衡量标准包括：减轻病痛；促进身心健康和延年益寿；恢复和增强工作能力，达到提高社会生产力的目的。
医学创新的成果大多数虽然能进入市场，但不能像商品获得利润那样谋取效益；即使部分物化成果可直接转化为商品，如药品、医疗器械等，其效益在多数情况下，也不归医学创新部门自身所有。所以，医学创新的效益主要是社会效益和宏观经济效益，既可以又难以用具体的货币经济指标来表达。医学创新的效益还有一种表述是直接效益、间接效益和无形效益。这种表述比较适合医学创新的特点。直接效益是指通过研究推广医疗保健的新技术、新方法、新药品、新器械，由医疗卫生事业单位或科研机构获得的经济收入；采用新技术、新方法节省成本，以及节省劳动力的医疗保健费，这种效益也比较容易计算。间接效益是指劳动者健康素质的改善及社会其它行业从中获得的效益。如某些创新成果，对医学事业或某个局部来说，可能不会受益，甚至还要投入资金和人力，但从社会效益和整个国民经济来看，其经济效益则是巨大的。

如生物胶水研制成功以后，目前已经推广应用，大大减少了手术时间和病人住院、康复时间；乙肝疫苗研制成功，不仅注射疫苗者自己不患肝炎，而且不会成为传染源，有效控制住乙肝的蔓延，其外延性的经济和社会效益都很显著，但对研究人员来说，只能是间接效益。无形效益是指减轻病痛，心理得以调节或平衡，体现社会的关怀和社会主义大家庭人与人之间的和谐关系，保持和促进社会安定，生产秩序稳定等等。
医学创新的目的在于探索生命的本质、过程、生命活动的规律和机理，虽然直接效益难以显现，但是一旦取得重大突破，其科学意义和社会效益乃至经济效益的前景都是难以估量的。总之，医学创新并不是高不可攀的神秘境界，勇于探索、披荆斩棘、辛勤耕耘是医学创新的先决条件；知识丰富又是医学创新的重要条件。医学创新是开辟新的道路去发现新的事物与规律，需要不同学科的相互渗透、相互补充，也需要创新主体的相互交流、相互激励，不断提高医学知识创新的起点和水平，减少各自创新活动的盲目性和重复性，在医学知识生产、传播和使用的动力学过程中，促使自己的劳动保值、增值，从而在世纪这一生命科学发展的新世纪中不断巩固自己优先发展的战略地位，更好地为发展我国现代化的医疗卫生事业服务。